Po opuszczeniu silnika dolna część kolumny wraz z przekładnią i stopą powinna być całkowicie zanurzona w wodzie, w przeciwnym razie napęd nie będzie działał efektywnie. Należy o tym pamiętać wpływając na bardzo płytkie akweny. Niedostateczne opuszczenie silnika w skrajnej sytuacji może uniemożliwić pobieranie wody do układu chłodzenia, co może skutkować awarią silnika. Silniki zaburtowe występują w wersjach z długą i krótką kolumną, możliwy jest więc dobór odpowiedniego napędu do różnego typu jednostek. W niektórych jachtach silniki są montowane w tzw. studzienkach silnikowych, na które przeznacza się bakistę rufową. Takie rozwiązanie ogranicza możliwości sterowania silnikiem. Przeważnie nie ma możliwości sterowania rumplem, a sterowanie jachtem ogranicza się wyłącznie do pracy sterem. Często również nie ma możliwości podniesienia silnika do góry i kolumna wraz ze śrubą znajduje się w wodzie, zmniejszając możliwości manewrowania na płytkich akwenach. Silnik zamknięty w studzience potrzebuje również stałego dopływu powietrza, należy więc stale kontrolować kratki wlotowe powietrza czy nie zostały przypadkowo zasłonięte.
Elementem napędu wytwarzającym ciąg i wprawiającym w ruch jednostkę jest śruba (pędnik). Ten zanurzony pod powierzchnią, obracający się element stanowi niebezpieczeństwo dla osób znajdujących się w wodzie w jej pobliżu. Jest też szczególnie narażony na wszelkie uszkodzenia mechaniczne związane z uderzeniem o dno lub w pływające przedmioty. W celu zmniejszenia ryzyka awarii śruby, montuje się specjalną metalową osłonę. Jest to rozwiązanie, które zmniejsza sprawność działania napędu. Kontakt śruby z przeszkodą na wysokich obrotach, może skutkować jej wykruszeniem, a nawet urwaniem łopat śruby. Producenci silników stosują w układzie przekładni specjalne zabezpieczenia w postaci klina, chroniącego napęd w przypadku silnego uderzenia w przeszkodę.  Klin to wykonany z miękkiego metalowego materiału walec blokujący stałe wzajemne położenie śruby względem obracającego się wału. Wystąpienie nagłej określonej siły blokującej obrót śruby ścina końce walca, natychmiast rozłączając przenoszenie napędu. Wymiana klina nie jest trudna technicznie, należy tylko posiadać odpowiedni element do wymiany.

Małe silniki zaburtowe uruchamiane są za pomocą szarpanki (linki zapłonu). Ta czynność czasami bywa męcząca, gdy silnik jest zimny lub uległ awarii. Przy tym sposobie uruchamiania należy zapewnić sobie pole do manewru oraz uważać, aby za nami nikogo nie było. Energiczne pociągnięcie linki może być przyczyną bolesnej kontuzji. Nowoczesne (i większe) silniki czterosuwowe o większej mocy mogą posiadać rozruch elektryczny przy pomocy prądu dostarczanego przez akumulator. Rozruch odbywa się przez przekręcenie kluczyka lub naciśnięcie przycisku. W takim rozwiązaniu występuje zewnętrzna manetka mocowana w kokpicie, służąca jednocześnie do rozruchu, zmiany biegów i zmiany obrotów silnika.
Zużycie paliwa w silnikach jachtowych podaje się w litrach na godzinę pracy silnika. Małe silniki zaburtowe charakteryzują się niskim zużyciem paliwa. Dla napędu czterosuwowego o mocy 4KM nie powinno przekraczać 1,5 l/godz. Wbudowane zbiorniki nie są zbyt pojemne, ale powinny wystarczać na około 2 godzin pracy silnika. Koniecznie przed wyruszeniem w rejs należy sprawdzić za każdym razem poziom paliwa i jego zapasy w zbiorniku. Szczególnie jest to ważne w czasie pływania z położonym masztem, kanałami lub wąskim szlakiem żeglownym. Nie wolno dopuszczać do sytuacji, w której jacht pozbawiony jest napędu i dryfuje po zatłoczonym akwenie. Dla większych silników konieczne jest połączenie go z zbiornikiem zewnętrznym. Powinien on być umieszczony z dala od instalacji elektrycznej i gazowej oraz odpowiednio zamocowany w sposób uniemożliwiający swobodne jego przemieszczanie.
Uruchamiając silnik należy krok po kroku przestrzegać procedury startowej. Jeśli silnik jest sprawny i dobrze wyregulowany, jego rozruch powinien nastąpić w czasie kilku pierwszych prób. Może się zdarzyć, że zimne silniki będą potrzebowały więcej czasu na uruchomienie. Przy silniku zasilanym z zewnętrznego zbiornika, należy pamiętać o odkręceniu odpowietrznika znajdującego się najczęściej na korku wlewu zbiornika, sprawdzeniu szczelności połączenia lini paliwowej tzw. szybkozłączki do silnika i podpompowaniu paliwa za pomocą ręcznej pompki (gruszki) umieszczonej na przewodzie paliwowym. Dobrze pracujący silnik nie dymi, nie wytwarza nadmiernych drgań, odgłos jego pracy jest równy i miarowy a do pracy ciągłej nie potrzebuje załączonego ssania. Silnik należy uruchamiać tylko wtedy, gdy stopa jest zanurzona w wodzie i sprawdzać co jakiś czas czy układ chłodzenia pracuje prawidłowo.

W silnika zaburtowych jak w każdym urządzeniu istnieje możliwość wystąpienia usterek oraz nieprawidłowości w działaniu w czasie pracy. Najczęściej spotykany kłopot występuje w czasie jego uruchamiania. Najczęstszą przyczyną tego jest pominięcie jednego z elementów przygotowania do rozruchu. Należy spokojnie jeszcze raz wszystko sprawdzić, szczególną uwagę zwracając na zrywkę i jej prawidłowe zamocowanie oraz szczelność i przyleganie szybkozłączki z lini paliwowej. Wielokrotnie ponawiane szybkie próby przy otwarty ssaniu mogą prowadzić do zalania silnika paliwem i braku iskry zapłonowej. Należy chwilę odczekać przed podjęciem ponownych prób